城中守将王尚书也是个文武兼备的猛人，一看这情况，上马就跑，并且接连戳死李云和石勇（骑兵对步兵大多有优势），之后被围困杀死。占领歙州后，卢俊义和宋江约定，这次要兵发一处，合力攻打清溪县。方腊一听这消息也慌了，赶紧把人叫过来想办法。娄丞相就说了，都这时候了，只有御驾亲征，决一死战了（其实还能投降）。于是方腊就让侄子方杰为先锋，带上会玩飞刀的杜威，自己亲自督战。结果大军刚一出发，娄丞相便发现李俊等人居然带着大堆粮草来投靠了。一问原因才知道，李俊等人不想攻城，但宋江催的紧，直接反水了（貌似有道理）。
娄丞相和方腊都觉得有道理，就信了他们，让他们进了城（两个耿直的哥们）。那头方杰和宋江人马在清溪县边界遭遇了，一言不合，便和秦明打在一起，后方的杜威看方杰难以取胜，便一把飞刀向秦明扔去，秦明躲飞刀时，却被方杰戳下马去，宋江知道消息后，急忙阵前观看，于是宋江和方腊都互相看见了对方，双方兵马都想冲过去抓到对方首领，个个摩拳擦掌。眼看要开打时，方腊接到报道，说官兵已经杀到山后，方腊听了大惊，让人先回去守城，刚到城门口，就看见城里面也乱了，原来是李军这帮人开始搞事情了。
方腊一看，清溪城也回不去了，就在方杰保护下，先躲进帮源洞，这头宋江和卢俊义兵马已经占领清溪县，娄丞相自缢而死，杜威躲起来后又被当地居民抓住，后被杀死（杜威也没支持率），一清点人数，郁保四，孙二娘被杜威飞刀杀死，邹渊和杜迁乱军中被马踏死，李立，汤隆，蔡福重伤，之后医治无效而死，阮小五被娄丞相杀了（莫名其妙就死了）。宋江和卢俊义安葬众人后，将帮源洞团团围住。